現在 CentOS 7.5 サーバーに RStudioServer と ShinyServer を入れて RStuidio 上で ShinyApp を書いています。
デプロイするには /srv/shiny-server/ の下にフォルダを丸ごとコピーしていますが、サーバにいちいちログインするか RStudio の新機能である Terminal 上でコピーしちゃうんですが、これを R でやりたいというのが今日のお題です。
適当に書くと次のようになると思います。
deploy_shiny_app <- function() {
dir_path <- getwd()
target_dir_path <- file.path("/srv/shiny-server", basename(dir_path))
files <- list.files(dir_path, pattern = "\.R$", full.names = TRUE)
command <- sprintf("sudo cp -vfu %s %s", paste(files, collapse = " "),
target_dir_path)
system(command, input = rstudioapi::askForPassword("Enter password"))
}
rstudioapi::askForPassword() というのはコード上にパスワードを平打ちしたくない時にこれ書いとくと RStudio 上でパスワードを入力するプロンプト出してくれるナウいやつです。
さて、これを実行すると次のようなエラーが出ました。
sudo: no tty present and no askpass program specified
これはなんかセキュリティ的な制限で、デフォルトでは sudo 時のパスワードが表示されないようにしてるみたいです。
解除するには
$ sudo visudo
で sudoers ファイルを開いて
Defaults visiblepw
と書くと良いらしいです。
さて、これで実行するとうまくコマンドが実行されるわけですが、デプロイ先のフォルダがないとエラーが出てコピーできません。
なので、フォルダがなければ作るということをやります。
sudo_create_dir_if_not_exists <- function(dir_path) {
if (!dir.exists(dir_path)) {
command <- sprintf("sudo mkdir %s", dir_path)
prompt <- sprintf("Create %s", basename(dir_path))
system(command, input = rstudioapi::askForPassword(prompt))
}
}
deploy_shiny_app <- function() {
dir_path <- getwd()
target_dir_path <- file.path("/srv/shiny-server", basename(dir_path))
sudo_create_dir_if_not_exists(target_dir_path)
files <- list.files(dir_path, pattern = "\.R$", full.names = TRUE)
command <- sprintf("sudo cp -vfu %s %s", paste(files, collapse = " "),
target_dir_path)
system(command, input = rstudioapi::askForPassword("Enter password"))
}
これでうまくいきそうなもんですが、ShinyApp の静的ファイルを www に入れたりモジュールをサブディレクトリに保存していたりという場合が考えられます。
なので指定したサブディレクトリもコピーするという記述も付け加えます。
このとき、フォルダからフォルダへコピーするという動作は共通なので関数化しちゃいます。
copy_files <- function(dir_path, target_dir_path) {
sudo_create_dir_if_not_exists(target_dir_path)
files <- list.files(dir_path, pattern = "\\.R$", full.names = TRUE)
command <- sprintf("sudo cp -vfu %s %s", paste(files, collapse = " "),
target_dir_path)
system(command, input = rstudioapi::askForPassword("Enter password"))
}
deploy_shiny_app <- function(dir_path = getwd(), dest = "/srv/shiny-server") {
target_dir_path <- file.path(dest, basename(dir_path))
copy_files(dir_path, target_dir_path)
}
コピーすべき subdir も指定可能にして for 文で回します。
deploy_shiny_app <- function(dir_path = getwd(), dest = "/srv/shiny-server",
subdir = c("www")) {
target_dir_path <- file.path(dest, basename(dir_path))
copy_files(dir_path, target_dir_path)
for (subdir_name in subdir) {
subdir_path <- file.path(dir_path, subdir_name)
if (dir.exists(subdir_path)) {
target_subdir_path <- file.path(target_dir_path, subdir_name)
copy_files(subdir_path, target_subdir_path)
}
}
}
これで多分うまくいきます。
最初デプロイ先のフォルダがない場合はフォルダの作成、サブフォルダの作成とパスワードを何度も聞かれてうざいですが、まあしょうがないかなと。
もっと良い方法があれば教えてください。
Enjoy!
